Sua história começa a ser contada no manga 399 com, TOBI ou Madara como preferirem, contando a história desse clã.
O clã Senju e o clã Uchiha sempre foram inimigos, por serem os maiores clãs do mundo shinobi naquela época. Seu líder Senju Hashirama era um shinobi muito respeitado, sempre entrava em combate com Uchiha Madara líder de seu clã rival. Quando eles oferecem trégua, formando assim Konoha, embora Uchiha Madara nunca tenha concordado com isso.
Líder e primeiro Hokage de Konoha Senju Hasirama
E Senju Tsunade (Embora tenha nascido já em Konoha) mas faz parte desse clã.